東漢末年，皇權實際上已經瀕于死亡，或者說名存實亡了。
曹操堅持政治改革和制度創新，重建中央集權制度，改造中央決策機制，建立統一指揮的中央軍隊，加強對各級官吏的監督，強調用人唯才，從而抑制大族勢力的擴張，使魏國不斷強盛起來，為統一全國奠定了基礎。
曹操迎漢獻帝都許，是他重建皇權的開始。
這個皇權名義上是東漢的皇權，獻帝是皇帝；實際上卻是曹家的皇權，曹操行使著皇帝權力，只差沒有直接登上皇位。
這里講曹操重建皇權，不僅是說曹操在東漢皇權名存實亡的情況下，重新建立起皇權統治，更重要的是曹操重建的皇權，是包含著對皇權制度的改造與創新。
建安初，曹操任司空、錄尚書事，也就是以宰相控制軍國大權。
史稱：「自都許之后，權歸曹氏，天子總己，百官備員而已。」（《后漢書·董卓列傳》）
袁紹在討伐曹操檄文中攻擊說「尚書記朝會，公卿充員品而已」（《三國志·魏志·袁紹傳》注引《魏氏春秋》），并非誣蔑。
獻帝朝廷上的公卿、尚書、侍中等有職無權，可有可無，故《魏志》中除荀彧等數人外少有記載。建安十三年（208年），復置丞相，當然由曹操擔任。司空只是三公中一員，而丞相則總攬朝政，于曹操控制軍國大政更加名正言順。
這時皇權的實質是，宰相執政，政出霸府，只是名義上仍以獻帝的詔書出現。
從制度層面說，曹操的霸府主要有三個職能。
曹操決策的文書由霸府的記室起草，《后漢書·百官志》載三公僚屬有記室令史，「主上章表報書記」。以曹操的文學修養擇人，當時擔任霸府記室者都是才華橫溢的著名文人。
《三國志·魏志·王粲傳阮瑀附傳》：
「太祖并以（陳）琳、（阮）瑀為司空祭酒，管記室，軍國書檄，多琳、瑀所作也。」
同傳注引《典略》：
「太祖初征荊州，使璃作書與劉備，及征馬超，又使瑀作書與韓遂，此二書具存。」
《北堂書鈔·設官部》注引《魏略》亦云：
「太祖常使阮瑀作書與韓遂，時太祖適出，瑀隨從，馬上具草。」
與陳琳、阮璃俱典記室的還有路粹，「至（建安）十九年，粹轉為秘書令」。
這里透露出原霸府記室，與建安十八年曹操稱魏公建宗廟社稷，所設秘書監之間的關系，即秘書監是由原記室組建起來的。
而曹操設秘書監，「典尚書奏事；文帝黃初初，改為中書，置監、令，以秘書左丞劉放為中書監，右丞孫資為中書令。監、令自此始也」（《晉書·職官志》）。
這就把記室、秘書、和中書省聯系起來了。
霸府設東曹、西曹、法曹、戶曹、倉曹等掾屬，最突出的是東曹典選官事。
《三國志·魏志·毛玠傳》：
「太祖為司空丞相，玠嘗為東曹掾，與崔琰并典選舉。其所舉用，皆清正之士，雖于時有盛名而行不由本者，終莫得進。務以儉率人，由是天下之士莫不以廉節自勵，雖貴寵之臣，輿服不敢過度。太祖嘆曰：‘用人如此，使天下人自治，吾復何為哉！’…大軍還鄴，議所并省。玠請謁不行，時人憚之，咸欲省東曹。乃共白曰：‘舊西曹為上，東曹為次，宜省西曹。’太祖知其情…遂省西曹…魏國初建，為尚書仆射，復典選舉。」
關于西曹的職能，《三國志·魏志·陳群傳》曰：
「屬呂布破，太祖辟群為司空西曹掾屬。時有薦樂安王模、下邳周逵者，太祖辟之。群封還教，以為模、逵穢德，終必敗，太祖不聽。后模、逵皆坐奸宄誅，太祖以謝群。」
東曹典選舉，而西曹所典似乎亦與選舉有關。
所謂「群封還教」，「教」就是曹操所頒布的任命模、逵的「教令」；教令由西曹發出，發出前西曹掾屬加以審核，認為不妥，則加封退還曹操。
魏國初建，即設立尚書省。
尚書省一方面源于東漢尚書台，另一方面則源于曹操霸府的行政職能。
大概在建安初年，時「軍旅勤苦，民心不安」（《三國志·魏志·程昱傳孫曉附傳》），易言之，即當時局勢還不明朗，勝負尚難以預料。
為防止軍心、民心浮動，曹操便設置校事以加強對群下的伺察和控制。
《太平御覽·職官部·都尉》引《魏略》曰：
「撫軍都尉，秩比二千石，本校事官。始太祖欲廣耳目，使盧洪趙達二人主刺舉，洪、達多所陷入，故于時軍中為之語曰：‘不畏曹公，但畏盧洪；盧洪尚可，趙達殺我。’」
曹操設置校事的目的于此可以一見。
不僅如此，在校事以外，曹操還設置刺奸之職，與校事同為監察之司。
《三國志·魏志·孫禮傳》曰：
「太祖平幽州，召為司空軍謀掾。初喪亂時，禮與母相失，同郡馬台求得禮母，禮推家財盡以與台。台后坐法當死，禮私導令逾獄自首，既而曰：‘臣無逃亡之義。’徑詣刺奸主簿溫恢。」
又同書《高柔傳》云：
「（柔從兄）高干既降，頃之以并州叛。柔自歸太祖太祖欲因事誅之，以為刺奸令史。處法允當，獄無留滯，辟為丞相倉曹屬。」
就以上曹操霸府的三項職能而言，曹操設置秘書起草文書，由其草擬詔書，以分尚書台之職權，至曹丕在此基礎上更建立中書省。
這是自秦漢以來中央政治制度的一大創舉。
由于中書省的出現，三省制已經呼之欲出了。
東漢政權落入董卓之手后，皇權名存實亡。
漢獻帝無寸土及一民一兵，擁有土地、百姓和軍隊的是大族豪強和他們的代表人物如州牧、郡守等。
在兵荒馬亂的年代，軍隊最為重要，沒有軍隊，也就沒有了土地和百姓。大概少有不領兵的刺史、太守，所以當時的刺史被稱為州將、太守被稱為郡將。
曹操迎漢獻帝都許后，這些州將、郡將們根本不把獻帝放在眼里，擁兵自重、割據自肥。
袁紹跨冀、青、并三州，公孫瓚據幽州，公孫度據遼東，昌布據徐州，張繡據南陽，韓遂、馬騰據雍州，袁術據淮南，劉表據荊州，劉焉據益州，還有孫策據江東。
此外，黃巾軍的余部汝南、潁川何儀、劉辟等，眾各數萬，河東白波帥李樂、韓暹等及平陽南匈奴右賢王去卑亦各擁眾成千上萬，而擁有小股武裝或筑塢壁自守的宗主豪強則不知有多少。
還應該注意到，大至州將，小至塢主，這些擁兵割據者與他們的部曲、佃客之間的人身依附關系。
東漢末年以來，失去土地和困于戰爭的農民，去請求大族豪強的保護；大族豪強便在屯塢自守、筑壁相保的過程中，采取軍事建制，部勒他們的族人賓客和佃客，使成為武裝的部曲，這時的私部曲，有時亦稱為家兵，形成一種強烈的人身依附關系。
而小塢主又去依附擁有更大勢力者如郡將、州將等，這是更高一層的依附關系。
于是，這一層層的依附關系迅速發展起來，滲透到一切社會關系中。
從建安元年（196年）到十三年，曹操統一北方走過艱難的歷程。
在削平割據、統一北方的過程中，大族豪強武裝大多歸順曹操。
曹操為籠絡這些大族豪強，也因暫時無力打散和整編他們的軍隊，故仍以他們為將，讓他們統率各自的部曲，這樣做可以避免大族豪強離心，軍隊發生嘩變。
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